El Plan de Manejo identifica una serie de amenazas a los valores de conservación del Santuario, así como los factores sociales, económicos y políticos que contribuyen a que estas amenazas se mantengan. En la siguiente imagen se muestra esta relación

Para abordar estas amenazas el Plan de Manejo establece nueve estrategias:

Gobernanza: Fortalecer las capacidades de gestión del Santuario y posibilidades de colaboración de los diferentes actores sociales involucrados, estableciendo mecanismos formales de trabajo. 

Financiamiento: Priorización de brechas y necesidades de financiamiento, identificación de fuentes de financiamiento (públicas, privadas, nacionales e internacionales), y postulación a diferentes alternativas de financiamiento, que aseguren la conservación a largo plazo del Santuario.

Educación, sensibilización y comunicaciones: Sensibilizar, comunicar y educar, sobre los valores de conservación, amenazas, límites, categoría de protección, y regulaciones de uso del Santuario, para mejorar el conocimiento, actitudes, conductas y habilidades de los visitantes y comunidades aledañas.

Habilitación y mejoramiento de áreas de uso público (Plan uso público): Regularizar, mejorar, habilitar y promover el uso público seguro y de bajo impacto ambiental en el Santuario (en tierra y agua), a través de limpiezas, infraestructura y mantención.

Fiscalización y control de amenazas: Fortalecer la fiscalización y el control sobre las amenazas al Santuario, a través del trabajo conjunto entre instituciones que tienen atribuciones fiscalizadoras, la Corporación y fiscalizadores ciudadanos, implementando un plan anual de fiscalización y logrando sanciones efectivas.

Gestión sostenible de residuos sólidos: Promover e incidir en el diseño e implementación de alternativas para la gestión sostenible de residuos domiciliarios, residuos de poda y jardín, y residuos de construcción, para evitar su disposición en el Santuario y la proliferación de microbasurales y rellenos. 

Manejo de especies invasoras y tenencia responsable de mascotas: Reducir o, al menos mantener, la superficie ocupada por el visón y las especies vegetales invasoras, junto con impulsar la tenencia responsables de mascotas en el entorno del Santuario. 

Soluciones sostenibles para mejorar la calidad del agua: Enfrentar las amenazas de contaminación por aguas lluvia y aguas servidas, con soluciones no convencionales (ej. soluciones basadas en la naturaleza), que sean ambientalmente amigables y potencien los servicios ecosistémicos que provee el Santuario a la ciudad de Valdivia. 

Plan de protección contra incendios: Actualmente existe un plan de protección contra incendios para el Santuario, elaborado en conjunto entre Conaf y la Corporación Humedales de Angachilla. Este plan se basa en la prevención de los incendios forestales, su detección temprana y en última instancia combate.