La salud del Santuario de la Naturaleza Humedales de Angachilla depende en gran medida de la condición y salud de sus aguas. Por ello es importante tener información sobre la calidad del agua y los cambios negativos que puede sufrir debido a la contaminación, o positivos por acciones de restauración.  
Con este objetivo, en noviembre del 2024, un grupo de 14 ciudadanos y ciudadanas comprometidos con el Santuario de la Naturaleza, se capacitaron en la metodología de cuidado coparticipativo de cuencas de Global Water Watch (GWW), a través de una colaboración con Fundación Manzana Verde quienes son representantes en Chile de GWW. Esta metodología entrega herramientas para hacer tres tipos de monitoreos:

• Físico químico: usando un laboratorio portátil de bajo costo y de fácil aplicación para la comunidad obtenemos 6 parámetros de calidad del agua (pH, oxígeno, dureza, alcalinidad, temperatura, turbidez).
• Bacteriológico: nos indica si existe contaminación fecal cuantificando la presencia de Escherichia coli  y otras bacterias coliformes.
• Macroinvertebrados:permite evaluar la salud del ecosistema a través de los “bichitos” (macroinvertebrados bentónicos) que viven en el agua y su tolerancia a la contaminación.