El modelo de gobernanza del Santuario de la Naturaleza Humedales de Angachilla, tiene en el centro a la Corporación Humedales de Angachilla (CHA), organización sin fines de lucro compuesta por 30 organizaciones sociales, que tiene la responsabilidad de administrar el Santuario. A través de la Corporación se canaliza la participación e involucramiento de las organizaciones sociales y comunidad local, sin perjuicio de que estos actores sociales puedan participar también desde otras instancias como las comisiones de trabajo.
En el núcleo de la gobernanza, junto a la CHA, existe un Comité de Gestión del Santuario, que apoya las labores de administración del área protegida y que está integrado por representantes de la Seremi del Medio Ambiente, Consejo de Monumentos Nacionales, Municipalidad Valdivia, Gobierno Regional de Los Ríos y Seremi de Bienes Nacionales.
Existe también un Comité Asesor y un Comité de Financiamiento.

Los diversos ámbitos de gestión del Santuario de la Naturaleza y la implementación de las estrategias del Plan de Manejo, están a cargo de comisiones temáticas de trabajo, integradas por representantes del sector público, privado y sociedad civil con competencias y experiencia en esas materias: